1999年9月30日，中国科学院党组决定将中国科学院地理研究所（1940年成立）与自然资源综合考察委员会（1956年成立）整合，组建中国科学院地理科学与资源研究所，并纳入创新工程试点。1999年12月30日，院党组正式宣布了对新所首届领导班子的任命。

　　2013年，地理资源所面向“四个率先”，聚焦“创新2020”和“一三五”规划，优化组织结构、完善制度体系、提高工作效能，深入开展党的群众路线教育实践活动，各项工作取得新成绩。

　　2013年，地理资源所共有在研项目744项(包括新增项目303项)。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目5项、承担课题28项，主持中国高技术研究发展计划（863）重大项目1项、课题8项，主持国家科技支撑计划项目1项、课题16项，国家科技基础性工作专项项目，国家科技重大专项项目1项、课题3项、国家科技基础条件平台项目2项；承担国家自然科学基金重大项目1项、重大研究计划项目2项、重点项目14项、面上项目174项，青年科学基金项目122项,“国家杰出青年科学基金”项目4项，“国家优秀青年科学基金”项目2项；承担中国科学院战略性先导科技专项项目2项、课题8项，院重点部署、创新集群及重要方向项目15项，院科研装备研制项目1项、院其它项目11项；承担国家发展和改革委员会卫星及应用产业专项项目1项，科学技术部农业科技成果转化资金项目2项、科学技术部国际合作项目2项，国家自然科学基金委员会对外交流国际合作项目4项，国家社会科学基金重大项目2项；承担经费在100万以上国家部委委托项目11项、与地方政府合作项目32项。

　　2013年，地理资源所获得国家科技进步二等奖2项、省部级科技奖14项。其中，地理资源所为第一完成单位的成果“砷超富集植物与植物修复”获北京市自然科学一等奖，“新疆城镇产业布局分析与决策支持系统研发与应用研究”获新疆自治区科技进步奖一等奖，“西藏河谷农区草产业关键技术研究与示范”获西藏自治区科技进步奖一等奖，“中国农村空废及未利用土地整治及优化配置研究”获国土资源科学技术奖一等奖。

　　2013年，地理资源所共发表论文1519篇，其中SCI和SSCI刊物收录论文642篇、EI、ISTP及其他国外刊物论文66篇，出版学术著作（地图集）34部，获得受理和授权专利36项，获得计算机软件著作权41项，完成区域（全国）发展规划23项。35份咨询报告得到党和国家领导人批示或被中办、国办刊物采用。

　　2013年度新争取到各类国际合作项目11项，与巴西伯南布哥联邦大学、德国亥姆霍兹环境研究中心签署科研合作协议2项，成立了“中德环境信息学联合研究中心”；主办了6个国际学术会议和2个两岸三地会议；全年出访451人次；接待来访422人次；引进中科院外国专家特聘研究员6名、外籍青年科学家4名。

　　2014年3月